电镜实验室设计应满足下列要求：
防磁电镜的主体-电磁透镜本身就是一个磁场，很容易受到外界磁场，特别是交变磁场的干扰，使显微图像发生单向的模糊，减少分辨本领，有时还会引起照明光斑的漂移和摆动，方案正常观察，电镜允许的外界交流磁场应小于2-3毫高斯。
防磁的主要措施是：
电镜室应远离电台，大型电机设备，大变压器及高压输电电缆等强磁干扰，以及核磁共振，质谱，高能粒子加速器等强磁仪器
电镜室动力及照明导线要避免形成闭合回路，避免长迂回或单根导线布线，应使去和回的导向相靠近，严禁导向从电镜室地下或顶上通过
才去屏蔽措施，目前有些单位采用铁网或薄铁皮作为实验室的屏蔽材料，理论上讲，选择磁滞特性不显著，矫顽力和剩磁小的高磁导率软磁材料做屏蔽作用较好，建议用薄铁皮和细目铁丝网做室内四壁和顶的屏蔽比较适宜的。应当说明：屏蔽是万不得已采用的，如果外界干扰磁场不超过允许值，则没有必要屏蔽
防震
目前各国出厂的电镜都采用了较好的防震抗震设施，但由于电镜的分辨率本领不断提高，对防震要求亦越加严格，电镜镜筒的振动，尤其是样品的振动，会使图像沿振动方向发生位移，使聚焦困难，成像模糊而降低分辨本领
电镜允许的外界振动(主要是指地面振动)：振幅小于1-3μm(频率小于五周)
