人防工程实施电磁脉冲防护的主要思路为：针对电磁脉冲对敏感设备及系统的各种耦合途径，通过对电磁脉冲能力的反射、吸收、隔离和泄放，使其衰减到不会影响设备及系统正常工作的程度。除了尽量利用大地岩土介质和工程的被覆层对电磁脉冲的衰减以外，常用的防护手段主要有屏蔽、接地等。
5.1 对核电磁脉冲场的防穿透――屏蔽
由于掘开式人防指挥所有结构钢筋，只要将钢筋网按一定要求进行焊接，在不增加投资的情况下，就可以构成总体的低屏蔽区，如有两层钢筋网，构成的低屏蔽区的屏蔽效能超过30dB。
在低屏蔽区可放置对核电磁脉冲不敏感的设备，对敏感设备应采用钢板屏蔽室，其总的屏蔽效能将超过80dB，即衰减1万倍，这样的屏蔽室中可以放置微机等敏感设备。屏蔽室的门窗都需要特制，门采用屏蔽门，保证电磁波不能从门缝侵入。通风窗要用特制的通风波导窗，保证空气可以通过而电磁波被隔绝，不能（或难以）进入。
5.2 对管线耦合感应引入的防护措施
5.2.1对输送非导电介质管道的防护措施
以给水管为例，通常在进（出）工程时，在工程外应外加一段绝缘隔断，并将工程外侧段接地引流，即将在工程外部耦合感应的核电磁脉冲隔断，并在外部引流入地。对风管，由于通常进、排风机与风管连接处均有帆布隔断（起隔振作用），帆布隔断相当于绝缘段，故不必另加绝缘段。
另外，内部的输送非导电介质管道应尽量采用非金属管道，如工程内风管应采用玻纤板风管（对口部由于抗超压的需要必须采用钢铁）。内部水管因要耐受10kg/mm2的压力，目前多采用镀锌管，由于非金属管道能承受10kg/mm2压力的不多，而且多数绝缘管都是环氧基（有毒），不符合饮用水标准。目前也有采用复合管材的，如外壁采用高强聚氯乙烯（有毒）而内壁采用聚乙烯（无毒但强度不高）。
其他输送非导电介质管道（如排烟管、输油管等）可参照风管、水管的处理方案。
5.2.2对传送电信号管线的防护措施。
对传送电信号管线的防护措施类似于电力系统中的防雷保护，不过要求更高。电力系统有以下防护措施：
5.2.2.1对外部高压架空线，应先加装高压氧化锌避雷器限幅，将高电压“削头”引流入地，使高压架空线耦合感应的核电磁脉冲在工程外部对地泄放。
5.2.2.2采用高压电缆全穿钢管引入工程，以免继续产生耦合感应核电脉冲，同时也防止了限幅后，带有未处理“干净”的电磁脉冲信号污染周围环境。
5.2.2.3整个电力系统采用接地钢质全封闭配线系统，防止了电缆或线路继续受周围未处理的不“干净”环境“污染”，同时也防止管中的未处理“干净”的缆线影响和污染周围环境。
为保证构成接地的钢质全封闭配线系统，除缆线应全穿钢管配线外，应采用钢质全封闭的配电柜及钢质全封闭配电箱。
5.2.2.4在变压器低压侧每一段母线上均应设低压氧化锌避雷器，以进一步削弱核电磁脉冲的耦合感应量。
5.2.2.5把低压配电柜中提高功率因素的一部分电容器，从三角形连接改接成星形连接，并接地作为防电脉冲初滤设备。
5.2.2.6在重要的配电箱中加装低压氧化锌限幅元件，以进一步限幅。
5.2.2.7经电源滤波器滤波后，为高屏蔽区的钢板屏蔽室内供电时，任何线路均不能不加处理随意引入或引出屏蔽室，不但要限幅，更要滤波，如钢板屏蔽室中设置的电话，必须经电话滤波器才能引入，消防报警的探头，必须经消防探头滤波器才能引入。
5.3 接地
接地是实施电磁脉冲防护的另一项重要措施。脉冲电流经接地体在大地中散流时，具有不同于工频散流的许多特性。一般情况下，接地体的波阻抗大于工频电阻。更多电磁屏蔽机房建设问题请咨询江苏莫克屏蔽科技有限公司。采用辐射式水平接地体，充分利用各种自然接地条件，都是减少接地电阻，改善接地体冲击特性的技术措施。
除上述防护技术外，针对地下工程口部和金属管道对电磁脉冲能量的耦合问题，亦需要采用相应的电磁脉冲防护措施。
